Viljojen hometoksiinianalyysi on tärkeä tehdä, jos epäillään saastuntaa. Silminnähden hyvä vilja saattaa sisältää runsaasti hometoksiineja. Alueelliset ja lohkokohtaiset erot voivat olla suuret. Kotieläintiloilla, joilla viljelykierto vähäisempää, kasvustot altistuvat homeille vuodesta toiseen. Esimerkiksi vuoden 2014 analyyseissa DON:ia löytyi huomattavasti vähemmän kuin edellisinä vuosina. Yllättävän monessa näytteessä oli kuitenkin varsin korkeat T-2 -toksiinin pitoisuudet. T-2 on kymmenen kertaa myrkyllisempi eläimille kuin DON.

VetAgro Oy teettää toksiinianalyysit yhteistyölaboratoriossaan Itävallassa. Analysointiin tarvitaan kattava, noin kilon näyte kuivatusta viljasta. Myös säilörehusta ja muista karkearehuista voidaan analysoida hometoksiineja erikoismenetelmillä.